質問1　特殊な漢字を含む名前を入力すると姓名判断結果では一部の漢字が消えてしまうのですがどうしたらいいでしょうか？(2001年4月2日登録)

ウェブ上で提供している制限によります。（常用漢字のように一般に使われる漢字ではそのような問題は発生しません)
ウインドウズソフト「命名の達人」ではそのような問題はございませんのでそちらをご利用ください。よろしくお願いします。

質問2　雅，瑛，その他の漢字で本によって画数が違ってるのがありますが、割り出し方を教えて下さい。(2001年4月30日登録)

主に書籍によって、個々の漢字を旧字体(本字式)で画数を数えるか、新字体(新字式)で画数を数えるかの2つに分れます。さらに旧字体で考える場合には辺の部分を元の漢字の画数で数えるなどします。(例えば辺がさんずいの漢字なら、元の漢字は水なので4画になる)
御質問の雅については、新字体の13画はよいとして、旧字体では、牙の部分が4画になります。なぜなら旧字体の雅の漢字は、例えばこちらから確認するような字体をしているからです。(牙が5画でなく4画です)ですから、旧字体の雅は12画になります。
瑛についても新字体の12画はよいとして、旧字体では、例えばこのような字体をしていますので(右上の部分が離れてます)1画多くなります。さらに、瑛については辺が王です。この王はそもそも玉から来ていますのでさらに1画足されることになります。その結果、旧字体では12+2画の14画と数えることになります。